碘在人体内的生理作用是通过合成的甲状腺激素实现的，甲状腺激素是机体最重要的激素之一，主要生理作用是：
（1）维持机体能量代谢（进行物质分解以提供生命活动所需的能量）和产热（保持体温）。碘缺乏引起的甲状腺激素合成减少，会导致基本生命活动受损和体能下降，这个作用是终身的。
（2）促进体格发育。甲状腺激素调控生长发育期儿童的骨发育、性发育、肌肉发育及身高体重。甲状腺激素的缺乏会导致体格发育落后、性发育落后、身体矮小、肌肉无力等发育落后的症状和体征。
3）脑发育。在胎儿或婴幼儿脑发育的一定时期内必须依赖甲状腺激素，它的缺乏会导致不同程度的脑发育落后，生后会有不同程度的智力障碍。这种障碍基本上是不可逆的，过了临界期再补充碘也无济于事了，但补碘还可以保证体格发育正常，纠正甲状腺功能低下，恢复体能，间接改善智力活动。
